Ki Ageng Ridho Kusumo, merupakan tokoh sentral sejarah berdirinya Desa Margomulyo, Konon Beliau adalah salah satu senopati Mataram yang turut serta dalam Perang Kala Duta menghadapi VOC Belanda ke Batavia dibawah komando Tumenggung Bahurekso yang merupakan Bupati Kendal Pertama sekitar Tahun 1605 M. Kala Itu Pasukan Mataram mengalami kekalahan ketika perang melawan VOC Belanda, dan banyak senopati dan prajurit Mataram tidak kembali ke Mataram (Yogyakarta) , termasuk Ki Ageng Rindho Kusumo. Kemudian bersama Istri dan pengikutnya beliau membuka hutan belantara di selatan Tegolayang dan di sebelah Utara Para'an (Pekuncen) . yang selanjutnya dikenal dengan wilayah Perboan Lor (saat ini berada di Dusun Manggal ) . Seiring berjalannya waktu daerah ini menjadi sebuah perkampungan yang ramai dan makmur, kemudian meluas sampai di wilayah Dusun Pugowati. 

Pada masa penjajahan kolonial Belanda , pengaturan pembentukan Pemerintah Desa sudah mulai terbentuk. di wilayah ini kemudian disebut dengan sebutan Desa Margomulyo , yang terdiri dari Dusun Pugowati, Dusun Manggal dan Dusun Sureman.

Pun pada masa Penjajahan Jepang (era Perang Dunia ke - 2) , Masa Kemerdekaan Republik Indonesia dan sampai saat ini , wilayah ini di kenal dengan sebutan Desa Margomulyo.

Beberapa Tokoh yang terdeteksi pernah memimpin Desa Margomulyo adalah sebagai berikut :

1. Sumo Sanam (Masa Kemerdekaan Republik Indonesia ) sampai dengan tahun 1950;

2. Achmat Yusuf ( tahun 1950 sampai dengan Tahun 1965/ Era Revolusi G-3 S PKI)

3. Soedjaman ( Tahun 1966 - 1987);

4. Suyanto (tahun 1987 - 2007);

5. Haryono ( Tahun 2007 - 2013 );

6. Susilo ( Tahun 2013 - 2019 );

7. Sujarno ( Tahun 2019 sampai dengan saat ini)